Theo chiều bắc nam, nhóm ngôn ngữ Philippines có thể chia ra như sau:

• Batanes (3-4 ngôn ngữ tại Batanes và Formosa)
• Bắc Luzon (40 ngôn ngữ, gồm tiếng Ilocano và tiếng Pangasinan)
• Trung Luzon (10 ngôn ngữ, gồm nhóm Sambal và tiếng Kapampangan)
• Bắc Mindoro (hay Bắc Mangyan; 3 ngôn ngữ)
• Đại Trung Philippines
  • Nam Mindoro (hay Nam Mangyan; 3 ngôn ngữ)
  • Trung Philippines (40 ngôn ngữ, gồm tiếng Tagalog, nhóm Bikol và nhóm Bisaya/Visaya)
  • Palawan (3 ngôn ngữ)
  • Subanon (6 ngôn ngữ, hoặc 6 phương ngữ của một ngôn ngữ)
  • Danao (3 ngôn ngữ, gồm tiếng Maguindanao và tiếng Maranao)
  • Manobo (15 ngôn ngữ)
  • Gorontalo–Mongondow (9 ngôn ngữ ở Gorontalo và Bắc Sulawesi)
• Kalamian (2 ngôn ngữ ở bắc Palawan)
• Nam Mindanao (5 ngôn ngữ)
• Sangir (4 ngôn ngữ ở Sangir và Talaud)
• Minahasa (5 ngôn ngữ ở Bắc Sulawesi)

Ngoài ra, tiếng Ati, tiếng Dumaget Umiray, tiếng Manide, và tiếng Alabat Inagta là những ngôn ngữ chưa phân loại trong nhóm Philippines, được Reid (2013)[5] coi là những ngôn ngữ sớm tách ra khỏi ngôn ngữ Mã Lai-Đa Đảo nguyên thủy.

Reid (2018)

Lawrence Reid (1982[6], 2017[7], 2018[8]) phủ nhận sự thống nhất phái sinh của nhóm ngôn ngữ Philippines. Reid (2018)[8] liệt kê những nhánh sau như.

• Inati
• Batanes (3 ngôn ngữ)
• Bắc Luzon (47 ngôn ngữ)
• Trung Luzon (10 ngôn ngữ)
• Trung Philippines (52 ngôn ngữ)
• Kalamian (2 ngôn ngữ)
• (những nhánh khác)

Reid (2013)[5] chấp nhận những nhánh dưới đây là những phân nhóm trong vùng ngôn ngữ Philippines.